
Μετά τη μάλαξη, στα παραδοσιακά πιεστήρια (που πλέον είναι ελάχιστα στην Ελλάδα), με τη βοήθεια ισχυρών υδραυλικών πιεστηρίων, εξάγονται τα υγρά της ελιάς, που είναι μίγμα ελαιολάδου με υδαρή συστατικά του καρπού. Στα σύγχρονα ελαιοτριβεία ο διαχωρισμός των υγρών από τα στερεά γίνεται με φυγοκέντρηση σε συσκευές που ονομάζονται "ντεκάντερ". Το στερεό υποπροϊόν που μένει ονομάζεται "πυρήνας". Τα υγρά που λαμβάνονται από το ντεκάντερ (βασικά μίγμα νερού και λαδιού) οδηγούνται σε έναν ή περισσότερους φυγοκεντρικούς διαχωριστήρες όπου το λάδι διαχωρίζεται από το υδαρές τμήμα λόγω διαφοράς στην πυκνότητα. Τα υδαρή συστατικά που αποβάλλονται ονομάζονται κοινώς "κατσίγαρος" και είναι σκούρου καφέ χρώματος και χαρακτηριστικής οσμής.


Στα ελαιουργεία υπάρχουν επίσης δεξαμενές όπου συγκεντρώνονται οι μούργες και τα νερά του πλυσίματος των ελαιών. Τα υγρά απόβλητα των ελαιοτριβείων παλαιότερα απορρίπτονταν στο περιβάλλον, γι' αυτό και τα περισσότερα ελαιοτριβεία ήταν κοντά σε ρέματα ή ακόμα και κοντά στη θάλασσα. Στη σύγχρονη εποχή αυτά τα απόβλητα θεωρούνται μόλυνση για το περιβάλλον και λαμβάνονται διάφορα μέτρα για επεξεργασία τους ή αποθήκευση σε σηπτικές δεξαμενές. Σε ορισμένες περιπτώσεις από τα υγρά απόβλητα με φυγοκέντρηση παράγεται βιομηχανικό ελαιόλαδο που προορίζεται είτε για ραφινάρισμα είτε για βιομηχανική χρήση. Σε κάθε περίπτωση η διαχείριση των υγρών αποβλήτων των ελαιοτριβείων είναι δύσκολη διότι έχουν υψηλό οργανικό φορτίο και δυσοσμία.


Ο εξευγενισμός είναι μια έντονη χημική διαδικασία που καταστρέφει μεγάλο μέρος από τη γεύση, το άρωμα και ορισμένα χρήσιμα θρεπτικά συστατικά του ελαιολάδου. Το παραγόμενο ελαιόλαδο δεν λέγεται πλέον "παρθένο ελαιόλαδο" και διατίθεται στην κατανάλωση μόνο ως μίγμα με παρθένο. Είναι η κατώτερη από τις κατηγορίες βρώσιμου ελαιολάδου που διατίθενται στην αγορά.
Από την επεξεργασία του πυρήνα απομένει η ξηρή ουσία ή "πυρηνόξυλο" που συνήθως χρησιμοποιείται ως καύσιμο, συχνά επιστρέφοντας στα ελαιοτριβεία τα οποία χρειάζονται αρκετή ενέργεια για θέρμανση του νερού. Ο πυρήνας μπορεί να χρησιμοποιηθεί και ως λίπασμα ή και ζωοτροφή.
